Man sieht es immer wieder, das Webseiten die komplette Prototype-Bibliothek einbinden, aber diese nur für ein paar lächerliche Ajax-Requests verwenden. Manchmal sieht man noch den Einsatz der $-Funktion, der Rest wird schön mit klassischen JavaScript erledigt.
Kangax zeigt in seinem Artikel How well do you know prototype an ein paar (wenigen) Punkten, wie Prototype besser eingesetzt werden kann.